(Direktor Agencije) Agencijom rukovodi direktor imenovan u skladu sa Zakonom o ministarskim imenovanjima, imenovanjima Vijeća ministara i drugim imenovanjima BiH ("Službeni glasnik BiH", br. 37/03). Direktor ima dva zamjenika koji su rukovodioci područnih jedinica i imenuju se na isti način. Direktora Agencije i zamjenike direktora imenuje Vijeće ministara Bosne i Hercegovine na mandat od četiri godine. Direktori i zamjenici direktora ne mogu biti iz istog konstitutivnog naroda. Direktor Agencije za svoj rad i rad Agencije u cjelini odgovara Vijeću ministara Bosne i Hercegovine.
čl. 11. Zakona o agenciji za predškolsko, osnovno i srednje obrazovanje, „Sl. glasnik BiH" br. 88/07