(Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji Agencije) Direktor Agencije, uz konsultacije s rukovodiocima područnih jedinica, donosi Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji, uz prethodnu saglasnost Vijeća ministara Bosne i Hercegovine. Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji obavezno definira nadležnosti područnih jedinica.
čl. 13. Zakona o agenciji za predškolsko, osnovno i srednje obrazovanje, „Sl. glasnik BiH" br. 88/07