(Unutrašnja organizacija) Agencija u svom sastavu ima sljedeće organizacione jedinice:a) Glavni ured u Mostaru;b) Centar oblasne kontrole leta (ACC), s operativnim jedinicama u Sarajevu (ATCU I) i Banjoj Luci (ATCU II);c) Operativno tehničke službe:1) Službu meteorološkog bdijenja Bosne i Hercegovine u Banjoj Luci (BHMET),2) Spasilačko - koordinacioni centar Bosne i Hercegovine (Rescue Co-ordination Centre - BHRCC) u Banjoj Luci,3) Službu letnih informacija Bosne i Hercegovine (Flight Information Service - FIS) objedinjena s BHRCC u Banjoj Luci,4) Službu zrakoplovnih informacija Bosne i Hercegovine (AIS BiH) u Mostaru,5) Centar za obuku osoblja kontrole zračne plovidbe s ATC simulatorom u Mostaru,6) Međunarodni NOTAM ured Bosne i Hercegovine (International NOTAM office - BH NOF) u Sarajevu,d) Jedinice za pružanje usluga prilazne i aerodromske kontrole leta na kontroliranim aerodromima u Bosni i Hercegovini: Banja Luka, Mostar, Sarajevo i Tuzla.(2) Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji Agencije mora uvažavati odredabe stava (1) ovog člana.
čl. 5. Zakona o agenciji za pružanje usluga u zračnoj plovidbi Bosne i Hercegovine, „Sl. glasnik BiH" br. 43/09