Unutrašnja organizacija Agencije uređuje se Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji, koji donosi direktor, uz saglasnost Vijeća ministara. Pravilnik se dostavlja Vijeću ministara BiH na saglasnost. Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji Agencije mora biti u skladu s državnim zakonom o upravi.
čl. 7. Zakona o agenciji za rad i zapošljavanje Bosne i Hercegovine, „Sl. glasnik BiH" br. 43/09 (prečišćeni tekst — neslužbeno)