Direktor Agencije ima jednog zamjenika koji pomaže direktoru u vođenju Agencije. Zamjenik direktora zamjenjuje direktora Agencije u slučaju spriječenosti ili nemogućnosti direktora da obavlja svoju dužnost, sa svim ovlaštenjima kao i direktor.
čl. 9. Zakona o agenciji za rad i zapošljavanje Bosne i Hercegovine, „Sl. glasnik BiH" br. 43/09 (prečišćeni tekst — neslužbeno)