Arhivom Bosne i Hercegovine upravlja direktor. Za direktora Arhiva Bosne i Hercegovine može se imenovati osoba koja ima visoku stručnu spremu, objavljene stručne radove iz oblasti arhivistike i srodnih djelatnosti i odlikuje se stručnim i organizacijskim sposobnostima. Direktor Arhiva Bosne i Hercegovine ima dva zamjenika. Direktora Arhiva Bosne i Hercegovine i zamjenike direktora imenuje i razrješava Vijeće ministara Bosne i Hercegovine za period od četiri godine.
čl. 38. Zakona o arhivskoj građi i arhivu Bosne i Hercegovine, „Sl. glasnik BiH" br. 16/01