Ministarstvom rukovodi ministar u saradnji sa zamjenikom ministra i sekretarom ministarstva. Ministar je za svoj rad i stanje u područjima koja su u djelokrugu rada ministarstva odgovoran Vijeću ministara BiH. Ministar ima jednog zamjenika ministra koji se imenuje na isti način kao i ministar, s tim da ne može biti iz istog naroda iz čijih redova je biran ministar.
čl. 20. Zakona o ministarstvima i drugim organima uprave BiH, „Sl. glasnik BiH" br. 5/03, 42/03, 26/04, 42/04, 45/06, 88/07, 35/09, 59/09, 103/09, 87/12, 6/13, 19/16 i 83/17 (prečišćeni tekst — neslužbeno)