Unutrašnja organizacija ministarstava i upravnih organizacija zasniva se na principima utvrđenim Zakonom o upravi, a utvrđuje se Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji. Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji ministarstava donosi ministar, a upravne organizacije rukovodilac upravne organizacije, uz saglasnost Vijeća ministara. Prije donošenja Pravilnika o unutrašnjoj organizaciji ministar, odnosno rukovodilac upravne organizacije dužan je pribaviti mišljenje Ureda za zakonodavstvo, Ministarstva pravde i Ministarstva finansija i trezora.
čl. 22. Zakona o ministarstvima i drugim organima uprave BiH, „Sl. glasnik BiH" br. 5/03, 42/03, 26/04, 42/04, 45/06, 88/07, 35/09, 59/09, 103/09, 87/12, 6/13, 19/16 i 83/17 (prečišćeni tekst — neslužbeno)