Kontrola indirektnih poreza vrši se provjerom knjiga, evidencija, spisa, faktura, vaučera, korespondencije od važnosti za indirektne poreze, računarskih baza podataka, programa, evidencija ili spisa koji se odnose na privredne djelatnosti, kao i provjerom dobara ili bilo kojih podataka koje bi UIO trebalo da zna ili koji bi bili potrebni za postupanje u skladu s obavezama plaćanja indirektnih poreza. Inspektorima UIO za indirektne poreze dozvoljen je ulazak u poslovne prostorije ili bilo koji drugi objekat ili mjesto gdje se obavljaju privredne djelatnosti, odnosno gdje se nalaze dobra ili bilo kakvi dokazi o njima. Ako je, s ciljem vršenja kontrole indirektnih poreza, potebno ući u privatne prostorije za stanovanje, primjenjuje se postupak iz člana 69. ovog zakona. Obveznici indirektnih poreza inspektorima indirektnih poreza pružaju neophodnu pomoć i saradnju za vrijeme vršenja kontrole i stavljaju na raspolaganje sve tražene podatke. Lica koja su obavezna plaćati indirektne poreze a koja pozove inspektor za indirektne poreze obavezna su biti prisutna traženog dana ili u traženo vrijeme bilo lično ili posredstvom svojih pravnih zastupnika. Izuzetno, ako postoji opravdan razlog, inspektori UIO za indirektne poreze mogu insistirati da se obveznik indirektnih poreza pojavi lično a ne njegov pravni zastupnik. Inspektori UIO smatraju se njegovim predstavnicima s posebnim ovlaštenjima i na zahtjev obveznika svoj identitet dokazuju službenom legitimacijom. Organi javne uprave obavezni su, na zahtjev inspektora indirektnih poreza, pružiti im pomoć i zaštitu u izvršavanju njihovih zadataka.
čl. 93. Zakona o postupku indirektnog oporezivanja, „Sl. glasnik BiH" br. 89/05 (prečišćeni tekst — neslužbeno)