Budžet Uprava ima vlastiti godišnji budžet, koji se usvaja u skladu sa Zakonom o trezoru institucija Bosne i Hercegovine ("Službeni glasnik BiH", broj 27/00) i Zakonom o izvršenju Budžeta institucija BiH i međunarodnih obaveza BiH. U budžetu Uprave posebno se predviđaju troškovi Odbora. Usvojeni godišnji budžet je i operativni budžet Uprave.
čl. 13. Zakona o sistemu indirektnog oporezivanja u Bosni i Hercegovini, „Sl. glasnik BiH" br. 44/03