Federalna komisija obavlja poslove iz člana 52. stav 1. tač. a), b), c) i d), te kontinuirano sarađuje sa komisijom za zaštitu prava osoba sa duševnim smetnjama, komisijom za prigovore pacijenata, komisijom za kvalitet i sigurnost zdravstvenih usluga osnovanim pri zdravstvenim ustanovama, etičkim komitetima osnovanim u skladu sa Zakonom o zdravstvenoj zaštiti, zdravstvenim savjetima jedinica lokalne samouprave, kantonalnih ministarstava zdravstva i Federalnog ministarstva zdravstva osnovanim u skladu sa Zakonom o pravima, obavezama i odgovornostima pacijenata ("Službene novine Federacije BiH", broj 40/10), kao i drugim subjektima u zajednici.
čl. 52b. Zakona o zaštiti osoba sa duševnim smetnjama, „Sl. novine FBiH" br. 14/13