Federalno ministarstvo zdravstva vrši upravne, stručne i druge poslove koji se odnose na ostvarivanje nadležnosti Federacije u oblasti zdravstva, a naročito poslove koji se odnose na: provođenje politike i strategije zdravstva u cjelini; razvoj i unapređenje sistema zdravstvene zaštite i zdravstvenog osiguranja; praćenje i provođenje federalnih zakona u oblasti zdravstva; izrada programa razvoja zdravstvene djelatnosti, te donošenje planova i programa mjera zdravstvene zaštite; međuentitetska i međukantonalna saradnja u oblasti zdravstva; koordiniranje i implementiranje projekata u oblasti zdravstva od značaja za Federaciju u saradnji sa međunarodnim vladinim i nevladinim organizacijama u skladu sa Ustavom Bosne i Hercegovine, a s ciljem rekonstrukcije i obnove zdravstvenog sistema; učestvovanje u implementiranju informatičkih projekata u oblasti zdravstva; osiguranje dostupnosti djelotvornim, sigurnim, kvalitetnim i ekonomičnim lijekovima i sprečavanje njihove zloupotrebe i druge poslove utvrđene zakonom. U sastavu Federalnog ministarstva zdravstva je Federalna uprava za zaštitu od zračenja i radijacijsku sigurnost. Federalna uprava za zaštitu od zračenja i radijacijsku sigurnost obavlja, stručne i upravne poslove iz oblasti zaštite od zračenja i radijacione sigurnosti utvrđene odgovarajućim federalnim zakonom.
čl. 14. Zakona o federalnim ministarstvima i drugim tijelima federalne uprave, „Sl. novine FBiH" br. 61/06