Federalni zavod za agropedologiju vrši stručne i druge poslove iz nadležnosti Federacije koji se odnose na: kartiranje i utvrđivanje bonitetne vrijednosti poljoprivrednog zemljišta; kontrolu plodnosti poljoprivrednog zemljišta; uređenje poljoprivrednog zemljišta; praćenje kontaminiranosti poljoprivrednog zemljišta polutantima (teškim metalima); rejonizaciju poljoprivrednog zemljišta i njegovo racionalno korištenje; mon i tor ing (praćenje stanja poljoprivrednog zemljišta i promjena u i na tlu); uspostavljanje zemljišnog informacionog sistema (ZIS) poljoprivrednog zemljišta i vođenje evidencije o poljoprivrednom zemljištu; davanje uputstava za upravljanje i gospodarenje poljoprivrednim zemljišnim resursima; davanje saglasnosti upotrebe poljoprivrednog zemljišta kao i izdavanje mišljenja, atesta i certifikata za upotrebu i korištenje poljoprivrednog zemljišta; učestvovanje i davanje stručnog mišljenja na propise koje pripremaju druga tijela, a odnose se na poljoprivredno zemljište, te druge poslove i zadatke propisane Zakonom o poljoprivrednom zemljištu ("Službene novine Federacije BiH", broj 2/98) koji se odnose na stručne institucije iz područja poljoprivrede.
čl. 29a. Zakona o federalnim ministarstvima i drugim tijelima federalne uprave, „Sl. novine FBiH" br. 38/05