Upravom Tužilaštva rukovodi glavni federalni tužilac. Glavni federalni tužilac donosi opća uputstva za rad tužilačkih i administrativnih odjela Tužilaštva u skladu sa Pravilnikom. Početkom svake godine glavni federalni tužilac sastavlja Opći plan o raspodjeli predmeta i upravnim stvarima. Po pitanju raspodjele predmeta planom se obavezno utvrđuju objektivni kriteriji prema kojima se provodi raspodjela. Tokom godine u plan se mogu unijeti izmjene i dopune ukoliko to zahtijeva promjena broja predmeta koji pristižu, odnosno srodnih upravnih stvari, ili usljed pojave ostalih nepredviđenih okolnosti.
čl. 30. Zakona o federalnom tužilaštvu Federacije Bosne i Hercegovine, „Sl. novine FBiH" br. 19/03