Organ upravljanja Agencijom je Upravni odbor Agencije (u daljnjem tekstu: Odbor). Odbor se sastoji od pet članova, koje imenuje Vlada, na prijedlog federalnog ministra finansija (u daljnjem tekstu: ministar).
čl. 9. Zakona o finansijsko-informatičkoj agenciji, „Sl. novine FBiH" br. 80/11