Praćenje sistema FUK-a obavlja se u svrhu procjenjivanja njegovog funkcioniranja i osiguranja njegovog pravovremenog ažuriranja u slučajevima promjene uvjeta i načina poslovanja, te utvrđivanja mjera za njegov stalni razvoj. Praćenje i procjena sistema obavlja se putem redovnih aktivnosti upravljanja i nadgledanja, samoprocjene i interne revizije.
čl. 10. Zakona o finansijskom upravljanju i kontroli u javnom sektoru u Federaciji Bosne i Hercegovine, „Sl. novine FBiH" br. 38/16