CHJ FMF zadužen je za uspostavljanje, razvoj, koordinaciju i harmonizaciju sistema FUK-a u organizacijama javnog sektora u Federaciji. CHJ FMF je nadležan za: a) pripremu zakona i podzakonskih propisa i akata iz područja FUK-a za organizacije u Federaciji; b) pripremu i ažuriranje strateških dokumenata iz oblasti razvoja sistema FUK-a u skladu sa međunarodno prihvaćenim standardima, standardima interne kontrole, praksama i propisima u Evropskoj uniji; c) koordinaciju uspostave i razvoja sistema internih finansijskih kontrola u javnom sektoru; d) definiranje sadržaja programa obuke i koordinaciju aktivnosti na provođenju programa obuke iz oblasti FUK-a u organizacijama u Federaciji; e) definiranje forme i sadržaja godišnjih izvještaja, postupaka i rokova izvještavanja o adekvatnosti i efektivnosti sistema FUK-a u organizacijama u Federaciji; f) vršenje analize, davanje preporuka kojima se unapređuje FUK u organizacijama u Federaciji i praćenje njihove realizacije; g) ocjenu adekvatnosti i efektivnosti sistema FUK-a u organizacijama u Federaciji na godišnjem nivou u svrhu prikupljanja informacija za razvoj metodologije i standarda rada; h) vođenje i održavanje registra osoblja uključenog u FUK u organizacijama u Federaciji.
čl. 16. Zakona o finansijskom upravljanju i kontroli u javnom sektoru u Federaciji Bosne i Hercegovine, „Sl. novine FBiH" br. 38/16