Federalni zavod finansira se:1. iz Budžeta Federacije Bosne i Hercegovine,2. na osnovu ugovora sa Zavodom zdravstvenog osiguranja i reosiguranja Federacije Bosne i Hercegovine,3. na osnovu ugovora sa kantonalnim zavodima zdravstvenog osiguranja,4. Iz drugih izvora u skladu sa zakonom.Ovlaštene zdravstvene ustanove se finansiraju iz prihoda zdravstvenih ustanova u okviru kojih djeluju.Metodologiju izrade cijene manipulativnih troškova krvi i krvnih sastojka utvrđuje ministar, na prijedlog Zavoda zdravstvenog osiguranja i reosiguranja Federacije Bosne i Hercegovine, uz prethodno pribavljeno mišljenje Komisije.
čl. 56. Zakona o krvi i krvnim sastojcima, „Sl. novine FBiH" br. 9/10