Agencija je samostalna federalna upravna organizacija koja ima svojstvo pravnog lica. Agencijom upravlja i rukovodi direktor kojeg nakon provedene konkursne procedure postavlja Vlada Federacije Bosne i Hercegovine u skladu sa Zakonom o državnoj službi u Federaciji Bosne i Hercegovine. Direktor ima status rukovodećeg državnog službenika. Direktor Agencije bit će imenovan najkasnije u roku 60 dana od dana stupanja na snagu ovog zakona. Vlada Federacije Bosne i Hercegovine imenovat će vršioca dužnosti direktora, ako u ovom roku ne bude imenovan direktor. Direktor ne smije biti član organa političke stranke. Direktor Agencije se bira na mandat od četri godine a jedna osoba može biti imenovana najviše u dva mandata uzastopno.
čl. 26. Zakona o oduzimanju nezakonito stečene imovine krivičnim djelom, „Sl. novine FBiH" br. 71/14