Federalne upravne organizacije su federalni zavodi, federalne direkcije i federalne agencije. Federalnim zakonom iz člana 36. ovog Zakona mogu se osnivati federalne upravne organizacije drugog naziva što se konkretno određuje tim zakonom, ako je to adekvatnije materiji koja se nalazi u nadležnosti te organizacije. Federalne upravne organizacije mogu se osnovati kao samostalne federalne upravne organizacije i kao federalne upravne organizacije u sastavu federalnog ministarstva.
čl. 40. Zakona o organizaciji organa uprave u Federaciji Bosne i Hercegovine, „Sl. novine FBiH" br. 35/05