Federalno ministarstvo osigurava transparentnost svakog odobrenog projekta putem svog knjigovodstva i računovodstva. Svaki projekt ima jasne budžetske stavke i uključuje sve informacije koje su posebno navedene u uputstvu ili uputstvima kojima se uređuje projekt, a koje izdaje Federalno ministarstvo. Federalno ministarstvo obavezno je da Komisiju za izbjeglice i raseljena lica Bosne i Hercegovine obavijesti o napretku ostvarenom u provedbi projekata svaka tri mjeseca.
čl. 35. Zakona o raseljenim licima i povratnicima u Federaciji Bosne i Hercegovine i izbjeglicama iz Bosne i Hercegovine, „Sl. novine FBiH" br. 15/05