Kapetanije su organizacione jedinice u sastavu Federalnog ministarstva. Kapetanije se organizuju kao kapetanija unutrašnje plovidbe - prometa i kapetanija pomorske plovidbe - prometa.
čl. 121. Zakona o unutrašnjoj i pomorskoj plovidbi, „Sl. novine FBiH" br. 73/05