Agencije za vode su federalne javne ustanove koje djeluju u skladu sa propisima koji reguliraju rad ustanova, ako ovim Zakonom nije drugačije utvrđeno. Agencije za vode su pravna lica sa pravima, obavezama i odgovornostima utvrđenim ovim Zakonom, drugim zakonima i statutom agencije. Agencije za vode su neprofitna pravna lica koja posluju putem svog transakcijskog računa za obavljanje djelatnosti. Agencije za vode upisuju se u sudski registar. Rad agencija za vode je javan. Agencija za vode o svom radu obavještava javnost pravovremeno i istinito na način određen statutom agencije.
čl. 153. Zakona o vodama, „Sl. novine FBiH" br. 70/06