Posebne dužnosti agencije za vode u upravljanju vodama Nadležna agencija za vode iz člana 152. ovog Zakona: 1. priprema analizu karakteristika vodnog područja; 2. priprema pregled uticaja ljudskih aktivnosti na stanje površinskih i podzemnih voda; 3. priprema ekonomsku analizu korištenja voda; 4. uspostavlja registar zaštićenih područja iz člana 65. ovog Zakona, kao i područja sa posebnom zaštitom određenih odlukom Vlade Federacije; 5. uspostavlja registar vodnih tijela koja se koriste ili se planiraju koristiti za zahvatanje vode za ljudsku potrošnju; 6. priprema klasifikaciju ekološkog, hemijskog i kvantitativnog stanja voda; 7. priprema program i organizira praćenje stanja voda; 8. priprema plan upravljanja vodama i program mjera.
čl. 29. Zakona o vodama, „Sl. novine FBiH" br. 70/06