Međuenitetsko tijelo za okoliš, pored ovlaštenja utvrđenih u Zakonu o zaštiti okoliša ("Službene novine Federacije BiH", broj: 33/03 i 38/09), ovlašteno je i za: a) koordinaciju rada po pitanjima zaštite prirode između relevantnih administrativnih tijela; b) protok naučnih i stručnih informacija po pitanju zaštite prirode prema nadležnim ministarstvima i drugim ministarstvima; c) usaglašavanje i razvoj međuentitetske saradnje na implementaciji Nacionalne strategije; d) koordinaciju i saradnju na uspostavi prekograničnih i međuentitetskih zaštićenih područja, proporcionalno broju zaštićenih prirodnih vrijednosti.
čl. 10. Zakona o zaštiti prirode, „Sl. novine FBiH" br. 66/13