Federalni zavod prati i organizuje praćenje stanja očuvanosti prirode (monitoring). Praćenje stanja očuvanosti prirode obuhvaća: - praćenje i ocjenu stanja bioloških vrsta/podvrsta, njihovih staništa, tipova staništa, ekološki značajnih područja, ekoloških sistema, te tipova pejzaža; - praćenje promjena geoloških vrijednosti (pojave klizišta, urušavanja, novih izvora i sl.), što obuhvaća i izradu posebnih geoloških karata kao podloga za daljnja istraživanja i praćenja; - praćenje stanja zaštićenih prirodnih vrijednosti. Podaci o praćenju stanja očuvanosti prirode (monitoringu) dostavljaju se Federalnom ministarstvu. Podaci su javni, osim ako se radi zaštita divljih vrsta/podvrsta ili staništa podaci ne proglase tajnim.
čl. 195. Zakona o zaštiti prirode, „Sl. novine FBiH" br. 66/13