Zaštita ekosistema ostvaruje se provođenjem mjera očuvanja biološke raznolikosti u korištenju prirodnih dobara i uređenju prostora, te zaštitom tipova staništa. Federalni zavod u saradnji sa nadležnim kantonalnim tijelima uprave prati stanje (monitoring) sistema ekološke mreže ugroženih ekosistema, tipova staništa i zaštićenih dijelova prirode u skladu sa ovim Zakonom i na osnovu njega donesenim propisima.
čl. 36. Zakona o zaštiti prirode, „Sl. novine FBiH" br. 66/13