Karantin je mjera ograničavanja kretanja i omogućavanja obaveznih medicinskih pregleda osoba koje su bile, ili za koje se sumnja da su bile u kontaktu sa osobom koja ima kugu, virusnu hemoragičnu groznicu (Ebola, Lassa, Marburg), SARS, velike boginje i žutu groznicu u vrijeme kada je ova osoba bila zaražena. Pod karantin se stavljaju i zdravstveni radnici određeni za liječenje osoba iz stava 1. ovog člana. O stavljanju u karantin i određivanju prostora za karantin odlučuje federalni ministar na osnovu epidemiološkog izvještaja Federalnog zavoda rješenjem protiv kojeg je dozvoljena žalba koja ne odlaže izvršenje. Dužina zadržavanja u karantinu je vremenski interval dvostrukog najdužeg inkubacionog perioda za određenu bolest. Karantin se fizički osigurava od ovlaštenih lica nadležnog kantonalnog ministarstva unutrašnjih poslova. Troškovi karantina padaju na teret budžeta Federacije.
čl. 46. Zakona o zaštiti stanovništva od zaraznih bolesti, „Sl. novine FBiH" br. 29/05