Osim prava i dužnosti određenih ovim Zakonom Federalno ministarstvo zdravstva: 1. prati kretanje zaraznih bolesti; 2. određuje mjere za sprečavanje i suzbijanje zaraznih bolesti iz člana 8. ovog Zakona; 3. donosi program za provođenje općih, posebnih i ostalih mjera za sprečavanje i suzbijanje zaraznih bolesti; 4. donosi programe eradikacije endemskih žarišta zaraznih bolesti; 5. usklađuje rad kantonalnih ministarstava zdravstva u iskorjenjivanju pojedinih zaraznih bolesti te na provođenju mjera za zaštitu od zaraznih bolesti koje se pojavljuju u epidemijskom obliku i ugrožavaju dva ili više kantona; 6. određuje i organizuje provođenje mjera zaštite od zaraznih bolesti u slučaju epidemije koja ugrožava više kantona, posebno složenih epidemija i epidemija nepoznatog uzročnika.
čl. 59. Zakona o zaštiti stanovništva od zaraznih bolesti, „Sl. novine FBiH" br. 29/05