Unutrašnja organizacija Agencije utvrđuje se Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji koji donosi direktor Agencije, uz saglasnost Vijeća ministara. Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji Agencije utvrđuju se: a) organizacione jedinice i njihova nadležnost; b) način rukovođenja; c) programiranje i izvršavanje poslova; d) ovlaštenja i odgovornosti državnih službenika u obavljanju poslova; e) ukupan broj državnih službenika i zaposelnika za obavljanje poslova; f) naziv i raspored poslova po organizacionim jedinicama, s opisom poslova za svakog državnog službenika i zaposlenika ili grupu državnih službenika i zaposelnika s potrebnim uslovima u pogledu stručne spreme i drugih uslova za rad na određenim poslovima; g) broj pripravnika koji se primaju u radni odnos i uslovi za njihov prijem.
čl. 13. Zakona o agenciji za unapređenje stranih investicija u Bosni i Hercegovini, „Sl. glasnik BiH" br. 56/04