Agencijom rukovodi direktor u saradnji sa zamjenikom direktora, sekretarom u skladu sa zakonom, Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji Agencije i drugim općim aktima. Direktor Agencije učestvuje u radu Upravnog odbora Agencije bez prava glasa. Direktor Agencije donosi opća akta Agencije u skladu sa zakonom.
čl. 6. Zakona o agenciji za unapređenje stranih investicija u Bosni i Hercegovini, „Sl. glasnik BiH" br. 56/04