1. Unutrašnja organizacija Instituta zasniva se na principima utvrđenim Zakonom o upravi ("Službeni glasnik BiH", broj 32/02) i Zakonom o državnoj službi u institucijama Bosne i Hercegovine ("Službeni glasnik BiH", br. 19/02 i 35/03). 2. Institut će uspostaviti ispostave u oba entiteta, kao organizacione jedinice, koje će obavljati poslove iz oblasti zaštite industrijskog vlasništva utvrđene članom 5. stav 1. Zakona o industrijskom vlasništvu u BiH ("Službeni glasnik BiH", broj 3/02). 3. Unutrašnja organizacija Instituta uređuje se Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji, koji donosi direktor Instituta uz saglasnost Vijeća ministara Bosne i Hercegovine.
čl. 8. Zakona o osnivanju instituta za intelektualno vlasništvo Bosne i Hercegovine, „Sl. glasnik BiH" br. 43/04