1. Institutom rukovodi direktor. 2. Direktor predstavlja i zastupa Institut, odgovoran je za obavljanje posebnih zadataka utvrđenih odlukama Vijeća ministara Bosne i Hercegovine, organizira i osigurava zakonito i efikasno obavljanje poslova, donosi propise kada je za to zakonom Bosne i Hercegovine ovlašten, izdaje druge akte za koje je ovlašten i poduzima druge mjere iz nadležnosti Instituta te odlučuje, u skladu sa zakonom Bosne i Hercegovine, o pravima, obavezama i odgovornostima državnih službenika i zaposlenika u vršenju službe. 3. Direktor Instituta ima zamjenika, koji ga zamjenjuje ukoliko on nije u mogućnosti izvršavati svoja ovlaštenja i obaveze. 4. Direktora i zamjenika direktora imenuje Vijeće ministara Bosne i Hercegovine, po prethodno pribavljenom mišljenju Agencije za državnu službu, u skladu sa Zakonom o upravi ("Službeni glasnik BiH", broj 32/02). 5. Mandat direktora i zamjenika direktora traje pet godina i može se produžiti za još pet godina, tako da najduži period postavljanja na isto radno mjesto traje deset godina. 6. Direktor i zamjenik direktora obavezni su, na osnovu Ustava, zakona, drugih propisa i smjernica Vijeća ministara Bosne i Hercegovine, savjesno vršiti povjerenu dužnost i lično su odgovorni za njihovo izvršenje, kao i za rad Instituta.
čl. 9. Zakona o osnivanju instituta za intelektualno vlasništvo Bosne i Hercegovine, „Sl. glasnik BiH" br. 43/04