Struktura Uprava ima ispostave i filijale na cijeloj teritoriji Bosne i Hercegovine. Lokacije i nadležnosti ispostava i filijala organiziraju se na ekonomskim principima, koji su izrađeni s ciljem maksimalnog povećanja efikasnosti Uprave u cjelini, osiguranja pogodnosti za poreske obveznike i pružanja podrške funkcioniranju jedinstvene ekonomske teritorije u Bosni i Hercegovini.
čl. 6. Zakona o sistemu indirektnog oporezivanja u Bosni i Hercegovini, „Sl. glasnik BiH" br. 44/03