Direktor Uprava ima direktora koji je odgovoran za upravljanje Upravom. Direktor predstavlja Upravu. Zakon o državnoj službi u institucijama Bosne i Hercegovine (u daljem tekstu: Zakon o državnoj službi) ("Službeni glasnik BiH", broj 19/02) ne primjenjuje se na direktora. Prilikom imenovanja rukovodećeg kadra vodit će se računa o nacionalnoj zastupljenosti. Uprava nema zamjenika direktora.
čl. 7. Zakona o sistemu indirektnog oporezivanja u Bosni i Hercegovini, „Sl. glasnik BiH" br. 44/03