Upravu čine direktor i izvršni direktori. Nadzorni odbor imenuje direktora na osnovu javnog konkursa i transparentnog procesa zapošljavanja. Direktor imenuje izvršne direktore na osnovu javnog oglašavanja za prijem u radni odnos. Direktor i izvršni direktori moraju biti profesionalci visokih moralnih vrijednosti i integriteta. Njihov mandat nespojiv je s drugim rukovodnim funkcijama. Direktor, između ostalog, ima sljedeća ovlaštenja: a) pripremanje i podnošenje četverogodišnjeg plana rada i godišnjeg budžeta; b) pripremanje i podnošenje akta o organizaciji čime se osigurava efikasno obavljanje dužnosti i odgovornosti; c) davanje preporuka nadzornom odboru u vezi s odlukama koje on donosi; d) usmjeravanje i primjenu usvojenog četverogodišnjeg poslovnog plana; e) provođenje odluka nadzornog odbora; f) propisivanje poslovnih principa u skladu sa smjernicama i politikama koje je propisao nadzorni odbor; g) upravljanje poslovnim aktivnostima i programima, uključujući i potpisivanje ugovora za rad, održavanje i modernizaciju javne željezničke infrastrukture; h) transparentnost u vezi s budžetskim izvorima i troškovima; i) predlaganje finansijskih pozajmica; j) pripremanje periodičnog finansijskog obračuna za prvu polovinu godine; k) čuvanje finansijskih izvještaja u skladu s međunarodnim računovodstvenim i revizorskim standardima; l) podnošenje revidiranih godišnjih finansijskih izvještaja; m) izvještavanje o poslovnim aktivnostima i njihovo podnošenje na uvid nadzornom odboru.
čl. 22. Zakona o željeznicama Bosne i Hercegovine, „Sl. glasnik BiH" br. 52/05