Direktor Agencije predstavlja i zastupa Agenciju, rukovodi radom Agencije i odgovoran je za rad Agencije. Direktor i zamjenik Agencije sudjeluju u radu Odbora, ali nemaju pravo glasa.Direktora i zamjenika direktora imenuje Vlada na prijedlog ministra.Direktor i zamjenik direktora ne mogu biti iz reda istog konstitutivnog naroda.Za svoj rad direktor i zamjenik direktora Agencije odgovorni su Odboru i Vladi.
čl. 11. Zakona o finansijsko-informatičkoj agenciji, „Sl. novine FBiH" br. 80/11