Sredstva za poslovanje ostvaruju se iz prihoda koje Agencija ostvari svojim poslovanjem.Odluku o visini naknada iz djelokruga rada Agencije donosi Odbor uz saglasnost Vlade.
čl. 16. Zakona o finansijsko-informatičkoj agenciji, „Sl. novine FBiH" br. 80/11