Višak prihoda nad rashodima Agencija raspoređuje se u opće rezerve, za razvoj djelatnosti Agencije i u korist federalnog budžeta.Raspoređivanje viška prihoda nad rashodima obavlja se u iznosu koji utvrđuje Odbor uz prethodnu saglasnost ministra. U tekućoj finansijskoj godini višak prihoda nad rashodima može se izdvojiti za formiranje općih rezervi najviše do visine od 20% ostvarenog viška prihoda nad rashodima i za razvoj djelatnosti Agencije najviše do visine od 30% ostvarenog viška prihoda nad rashodima.Ostatak viška prihoda nad rashodima nakon raspoređivanja u opće rezerve i za razvoj djelatnosti Agencije vanredni je prihod federalnog budžeta.U slučaju da Agencija ostvari manjak prihoda nad rashodima Vlada u roku od 90 dana odlučuje o pokriću gubitaka.
čl. 17. Zakona o finansijsko-informatičkoj agenciji, „Sl. novine FBiH" br. 80/11