Unutrašnja organizacija kazneno-popravnog zavoda utvrđuje se Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji koji donosi rukovodilac zavoda uz saglasnost Vlade Federacije. U kazneno-popravnom zavodu, po pravilu, postoje organizacijske jedinice koje se bave poslovima osiguranja, odgoja - tretmana, zdravstvene zaštite i zapošljavanja osuđenih osoba, kao i općim i zajedničkim poslovima. Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji mogu se, u zavisnosti od potrebe i prirode poslova, formirati i druge organizacijske jedinice u skladu sa propisima o načelima za utvrđivanje unutrašnje organizacije federalnih organa uprave i federalnih ustanova.
čl. 122. Zakona o izvršenju krivičnih sankcija u Federaciji Bosne i Hercegovine, „Sl. novine FBiH" br. 44/98