Kazneno-popravnim zavodom rukovodi direktor. U kazneno-popravnom zavodu postoji zamjenik direktora koji zamjenjuje direktora u slučaju njegove odsutnosti i spriječenosti i pomaže direktoru u izvršavanju poslova iz njegove nadležnosti. Direktora i zamjenika direktora kazneno-popravnog zavoda, bez konkursa, postavlja i razrješava Vlada Federacije, na prijedlog federalnog ministra. Direktor i zamjenik direktora kazneno-popravnog zavoda postavljaju se na četiri godine i nakon isteka tog roka mogu biti ponovo postavljeni. Za direktora i zamjenika direktora kazneno-popravnog zavoda može se postaviti osoba koja ima visoku školsku spremu i najmanje pet godina radnog iskustva nakon sticanja te spreme. Direktor i zamjenik direktora kazneno-popravnog zavoda ne mogu biti iz istog konstitutivnog naroda. Direktor kazneno-popravnog zavoda, organizuje rad zavoda, usklađuje rad organizacionih jedinica, nadzire pravilnost i zak-onitost rada, predstavlja zavod i vrši druge poslove za koje je nadležan po zakonu i drugim propisima. Direktor i zamjenik direktora kazneno-popravnog zavoda za svoj rad odgovaraju Vladi Federacije i federalnom ministru.
čl. 123. Zakona o izvršenju krivičnih sankcija u Federaciji Bosne i Hercegovine, „Sl. novine FBiH" br. 44/98