Organ rukovođenja je direktor Fonda.Uvjeti za imenovanje direktora Fonda utvrđuju se osnivačkim aktom, a prednost ima lice sa invaliditetom.
čl. 61. Zakona o profesionalnoj rehabilitaciji, osposobljavanju i zapošljavanju lica sa invaliditetom, „Sl. novine FBiH" br. 9/10