Organ upravljanja u Fondu je upravni odbor.Upravni odbor Fonda broji sedam članova od kojih su tri člana predstavnici organizacija lica sa invaliditetom, koje su osnivači ili vlasnici ustanova i privrednih društava za profesionalnu rehabilitaciju i zapošljavanje lica sa invaliditetom.
čl. 62. Zakona o profesionalnoj rehabilitaciji, osposobljavanju i zapošljavanju lica sa invaliditetom, „Sl. novine FBiH" br. 9/10