Nadzorni odbor obavlja sljedeće poslove: 1. analizira izvještaj o poslovanju agencije za vode, 2. pregleda godišnji izvještaj o poslovanju i godišnji obračun finansijskog poslovanja agencije za vode, 3. pregleda i provjerava urednost i zakonitost vođenja poslovnih knjiga, 4. izvještava Federalno ministarstvo, upravni odbor i direktora agencije za vode o rezultatima nadzora. Način rada i donošenje odluka nadzornog odbora uređuju se statutom agencije za vode.
čl. 162. Zakona o vodama, „Sl. novine FBiH" br. 70/06