Direktor agencije (1) Agencijom za vode rukovodi direktor. Direktor predstavlja i zastupa agenciju za vode. (2) Direktora agencije za vode imenuje i razrješava upravni odbor, uz saglasnost Federalnog ministarstva. Mandat direktora je četiri godine. (3) Direktor se bira na osnovu javnog konkursa koji mora biti objavljen u najmanje dva dnevna lista koja se distribuiraju na cijelom područje Federacije, što se vrši u skladu sa zakonom i statutom agencije za vode. (4) Za direktora agencije za vode imenuje se lice koje ima univerzitetsku diplomu. Detaljnije odredbe o uvjetima koje mora ispunjavati lice koje se imenuje za direktora i postupak imenovanja direktora određuju se statutom agencije za vode. (5) Direktor agencije za vode odgovoran je upravnom odboru za rad agencije. Detaljnije odredbe o djelokrugu, ovlaštenjima i odgovornostima direktora određuju se statutom agencije za vode.
čl. 163. Zakona o vodama, „Sl. novine FBiH" br. 70/06